De Franse bezetting in 1792 betekende het einde van de broederschap. Het gasthuis werd opgeëist om soldaten in te kwartieren. De gouden en zilveren kerksieraden werden in 1793 gebruikt om een gedeelte van de tien miljoen frank belastingen te betalen dat opgelegd was door de bezetter. Toen de Zuidelijke Nederlanden volledig ingelijfd waren en de republikeinse wetten van kracht werden, betekende dit dan ook de sluiting van het gasthuis en werd de inboedel in beslag genomen.
De Franse administratie kwam twee jaar later tot het besluit dat het beheer van de openbare liefdadigheid onterecht toevertrouwd werd aan de staat. De wet van 7 oktober 1796 geeft de organisatie van de openbare liefdadigheid terug aan de gemeenten.
De Bureaus van Openbare Onderstand werden opgericht.
In 1798 werd de kapel verkocht aan Morand, die ze vervolgens overmaakte aan Lembrechts voor de oprichting van magazijnen.
De overige ruimten van het gasthuis vonden geen koper en werden verhuurd aan de meubelmaker Mennes die deze onderverhuurde aan Van Dueren (bijgenaamd de Baron) voor de organisatie van feesten en danspartijen.
Al snel erkende de overheid deze abnormale toestand en werden de oude tradities hervat.
Door de kennismaking tussen Jacobus Brants, oud-prefect van de Loretanen en filantroop met de prefect van het departement der Twee Neten, Charles d'Herbouville, kwam er verandering.
Brants vond bij d'Herbouville een waardige gesprekspartner om het gasthuis zijn oorspronkelijke functie terug te geven. Op 6 september 1800 kon d'Herbouville Sint - Julianus terug overdragen aan de commissie van de Burgerlijke Godshuizen. De poging om de kapel terug aan te kopen was tevergeefs. De gotische kapel zou tot het midden van de twintigste eeuw gebruikt worden als magazijn.